Tek maç eleme usulüne göre yapılan karşılaşmalar sonucunda 49 takım üçüncü tura adını yazdırdı. Yapılan ikinci tur maçları sonucunda rakiplerine üstünlük kurarak üst tura yükselen takımlar şöyle:
Trabzonspor, Gaziantepspor, Bursaspor, Kayserispor, Çaykur Rizespor, Balıkesirspor, Elazığspor, Şanlıurfaspor, Bandırmaspor, Boluspor, Ümraniyespor, Samsunspor, Yeni Malatyaspor, Denizlispor, Sivasspor, Büyükşehir Gaziantepspor, Göztepe, Ofspor, Afjet Afyonspor, Sancaktepe Belediyespor, 24 Erzincanspor, Aydınspor 1923, Dersimspor, Yomraspor, Yeni Amasyaspor, Elaziz Belediyespor, Bucaspor, Gümüşhanespor, Fethiyespor, Düzyurtspor, Amed Sportif Faaliyetler, Menemen Belediyespor, Tuzlaspor, Keçiörengücü, Sarıyer, Kocaeli Birlikspor, Kırklarelispor, Fatih Karagümrük, Nazilli Belediyespor, Konya Anadolu Selçukspor, İnegölspor, Büyükçekmece Tepecikspor, Kahramanmaraşspor, Pendikspor, Darıca Gençlerbirliği, Çorum Belediyespor, Büyükşehir Belediye Erzurumspor, BUGSAŞ Spor, Kızılcabölükspor
Ziraat Türkiye Kupası'nda üçüncü tur maçları, ekim ayının son haftasında yapılacak. Üçüncü turda, ikinci turda rakiplerini eleyen 49 ekibin yanı sıra statü gereği Spor Toto Süper Lig'de geçen sezonu 6 ile 10. sıra arasında bitiren Galatasaray, Kasımpaşa, Akhisar Belediyespor, Antalyaspor ve Gençlerbirliği takımları da yer alacak.
Bu turda Spor Toto Süper Lig'den 10, TFF 1. Lig'den 12, Spor Toto 2. Lig'den 21, Spor Toto 3. Lig'den 10 ve Bölgesel Amatör Lig'den 1 takım gruplara kalmak için mücadele edecek. Tek maç eleme usulüne göre yapılacak üçüncü tur maçları sonucunda 27 takım grup aşamasına kalacak. Geçen sezon Süper Lig'i ilk 5'te tamamlayan takımların da doğrudan katılımıyla 32 ekip, grup aşamasında mücadele edecek.
