6 yaşındaki Jacob Portman kendini gizemli bir adada ve 70 yıl öncesinde bulduğunda, burada yaşayan kendisi gibi tuhaf ama gizemli güçlerle donanmış genç öksüzlerle karşılaşır. Bu çocuklar, Bayan Peregrine'in koruması altında yaşamlarını sürdürmektedirler. Ancak bu çocukların peşinde korkunç yaratıklar vardır ve Jacob da çok geç öğrendiği "tuhaflığıyla" onları korumaya çalışacaktır.