Yıl 1961, insanlığın uzaya adım atışından 8 yıl önce bir Cybertron uzay gemisi büyük savaştan kaçarak Ay'ın karanlık yüzüne inmiştir. Sentinel Prime'ın kullandığı bu gemi, Cybertronlar için hayati önem taşıyan bir teknolojiyi taşıyordur. Dünyada ise insanlığın uzaya çıkma macerası başlamıştır artık. Cybertron gemisini keşfeden NASA, Başkan John F. Kennedy'nin izniyle Ay'a ilk insanı gönderme projesine start vermiştir. 1969'daki Apollo 11'in macerası da böylece başlar...

Günümüze geldiğimizde ise, bir görev sırasında işte bu çok gizemli Cybertron gemisini keşfeden Optimus Prime, insanların yıllardır bu konuda Autobot'lara yalan söylediğini anlar ve hayal kırıklığına uğrar. Bu gemiye ve içinde saklanan teknolojiye Decepticonlar'dan önce ulaşmak ve sırrını keşfetmek için büyük bir yarış başlamıştır artık... Transformers'ın son savaşı yaklaşırken mezun olan Sam Witwicky de hem kız arkadaşıyla hem de iş bulamama derdiyle baş başadır.